中年程序员周海在妻子去世后陷入麻木，某天加班回家走错路，撞见一家“洞洞杂货店”，门口悬挂的旧风铃能让他听见妻子生前最后的叮嘱。店主是一位神秘婆婆，店里每件物品都附着一段未完成的缘分。周海开始利用下班时间帮婆婆整理货品，逐渐从顾客的遗憾中看见自己的影子，也发现了杂货店存在的真正意义——它只为失去方向的人打开门。
杂货店即将消失，周海再次摇响风铃，听到妻子说“好好活下去”，他流着泪把风铃挂在自家门前。
周海在阁楼发现婆婆年轻时的照片，原来她也是因失去挚爱而成为杂货店的守护者，店是她的执念所化。
一位登山客买走指南针，却在暴雨夜迷路，指南针发出杂货店的光引导他安全下山，次日他把指南针送回。
周海用代码思维帮婆婆整理物品分类，却意外让一件“时间怀表”停摆，差点困住一位顾客，婆婆教他“修复需要情感而非算法”。
周海第一次进店被风铃吸引，风铃响起时他听到妻子叫他“笨蛋”，店主说这是他妻子寄存的声音。
周海在妻子忌日加班到深夜，开车回家时导航失灵，驶入一条挂满灯笼的小巷，杂货店就在尽头。